La Mata Atlântica abriga em sus campos una diversidad natural muy importante. Sus campos y bosques abrigán una variedad de animales que se convierte en un ecosistema más amplio de la biodiversidad del planeta, y también uno de los más débiles. Este patrimonio debe ser preservado a toda costa, principalmente a través de una mayor conciencia de sus numerosos visitantes, después de todo, cada detalle del bosque está estrechamente relacionada con la vida de todos los naturales.

Muchas de sus especies son endémicas. De los mamíferos que viven en el bosque, el 39% sólo se encuentran en esta región. Lo mismo ocurre con la mayoría de las mariposas, reptiles, anfibios, aves y primates. Gracias a la deforestación acelerada que la Mata Atântica sufre el siglo XVI, muchas especies están amenazadas de extinción. Otros han sido diezmada con la pérdida de su hábitat, incluso antes de llegar a ser conocida por la civilización. Hoy son catalogados alrededor de 400 especies de aves, 183 de anfibios, 146 de reptiles y 131 de mamíferos. A pesar de esta riqueza, es muy difícil de encontrar, observar ou fotografar cualquier tipo durante un paseo por los bosques. Pero no es así, esta maraña de árboles, enredaderas, orquídeas, helechos y bañado dejado de ser un paraíso para los observadores cuidadosos de raras aves y peces como el bagre ciego, Pimelodella kronei, con exclusión de las aguas oscuras de las cuevas. En sus regiones más altas, que superan los 1.000 metros, son los campos de altura, las regiones rurales de la vegetación, donde viven aves como la quete, Poospiza lateralis, y el tibirro do campo. Entre 900 y 1.500 metros, donde la niebla característica mantiene el alto nivel de humedad, son las Matas de Altura, o Floresta Nebulosa, el hábitat para las aves que migran como el beija-flor-preto-e-branco, Melanothrochilus fuscus, y saíra-lenço, Tangara cyanocephala, y los residentes sanhaço-frade, Stephanophorus diadematus, y estalinho, Phylloscartes dificilis. Y, sin embargo, el sagüi-da-serra-escuro, Callithrix aurita, y la perereca, Brachycephalus nodortega.

La Floresta de Encosta, por debajo de 900 y un máximo de 50 pies de alto, donde la cubierta vegetal es bastante densa, con árboles superior a 30 metros de altura, el desplazamiento es muy difícil, y es mayor ocurrencia de mamíferos con hábitos arbóreos. Entre ellas figuran el grupo de primates, con 20 especies. El más famoso de ellos es monocarvoeiro, Brachyteles arachnoides, el primate más grande de las Américas. Su población ha alcanzado ya 400 mil, pero hoy son sólo 400.

La división del suelo húmedo del bosque, encontramos mamíferos como el onça pintada, Pantera onça, la onça parda, puma concolor, la jaguatirica, Leopardus pardalis, que dependen del bosque atlántico para su supervivencia. Y, sin embargo,, antas, tamanduás, porcos-do-mato, catinguelê, gambá-de-orelha-preta, cutias, guaxinins, una multitud de cobras, jabutis, lagartos e más.
Descendiendo hacia las llanuras fluviales y los depósitos marinos en los pies de la ladera, entre figueiras, guapuruvus, caixetais, registrar la presencia de aves endémicas como el Chocó, Carponis melanocephalus, el jaó do litoral, Crypturelus noctivagus, mico leão da cara preta, Leontopithecus caissara, un primate en serio peligro de extinción. El bosque de la Restinga y las pistas, a menudo inundadas en la temporada de lluvias, es el medio ambiente para los peces y los anfibios, muchas de ellas endémicas.
Y, por último, los manguezais constituyen la base para la fertilidad de las aguas costeras. Debido a la elevada concentración de materia orgánica en estas aguas, es el proveedor de energía a todos los seres vivos que componen esta compleja cadena alimentaria. Ali es el desove de peces, crustáceos y moluscos. La población residente de los animales se limita, representado por cangrejos y mariscos. Las garzas, las gaviotas, los buceadores y guaxinins también son asiduos visitantes de los manguezais.