A Aldeia dos Índios Peroibe, já existia desde muito antes da chegada de Martin Afonso de Souza. Seu principal Cacique era conhecido por Piriri Goa Ob Yg e a Aldeia situava-se no Tapiarama (Tapui-Rama), região das Aldeias ou Pátria dos Tapuias. Eram as duas únicas Aldeias do Litoral.
As primeiras noticias, datam de 1532, quando Pero Correa pede a confirmação de suas terras a Martin Afonso de Souza, dizendo já estar há muito tempo nas terras que antes pertenciam a um Mestre Cosme, Bacharel de Cananeia e doava estas terras em 1553 à Companhia de Jesus, por descarrego de consciência, devido ao escravismo atuante nas praias do Guarau. Doou, também, a Fazenda na Praia de Peruibe, para a Confraria do Menino Jesus, que passou a ser o Segundo Colégio de Meninos Órfãos do Menino Jesus. O Primeiro Colégio foi em São Vicente. Peruibe pertencia à Capitania de Martin Afonso de Souza, por encontrar-se a 12 léguas ao Sul de São Vicente.
Já existe, neste local a Capela dedicada à Conceição de Nossa Senhora, quando em 1549, chegava Padre Leonardo Nunes juntamente com outros padres para fazer a catequese dos indígenas. O Padre Leonardo Nunes passou a ser conhecido pelos indígenas por "Abarebebe" (Padre Santo ou Padre Voador) por estar em vários locais ao mesmo tempo.
Em 1554, chega na Aldeia José de Anchieta, noviço de 19 anos, recentemente aceito na Companhia de Jesus, no auxílio à catequese. Após ter feito seu trabalho na Capitania de São Vicente, foi à Bahia como provincial e em 1584, escrevia:

Tendo notícias que o Convento de Itanhaém só começou sua construção em 1640, e seu padroeiro foi São Francisco de Assis, conforme apontamento de Azevedo Marques e sua Igreja Matriz, data de 1761 e sua Padroeira de Santa Ana, conforme Benedito Calixto, não resta duvida sobre a veracidade dos fatos históricos de que a fundação da Vila da Conceição de Nossa Senhora, ocorreu na atual Ruínas do Abarebebe, conforme a afirmação de Frei Gaspar da Companhia de Madre de Deus, que diz na sua obra (Capitania de São Vicente), que até 1555, não existia nada no local chamado Itanhaém e sim Aldeias, onde Martin Afonso de Souza fez sua fundação. A Aldeia perdeu o Foro de Vila, cedendo aos Portugueses que residiam em Itanhaém, por estarem os Jesuítas protegendo por demais os indígenas e no século XVII, em meados de 1648 foram expulsos. A Aldeia passa a ser conhecida como Aldeia de São João Batista, a partir de 1640.
A Aldeia ficou abandonada, os indígenas foram obrigados a levar as Alfaias, Castiçais e Imagens para o Convento de Itanhaém, mas devido a devoção pela Imagem da Conceição de Nossa Senhora, esconderam e só a entregaram à Confraria de São Vicente. Outras histórias foram narradas por diversos historiadores, sempre com o intuito de apagar da memória os fatos verdadeiramente ocorridos. Itanhaém passou a cabeça de Capitania por quase 150 anos, devido ao progresso de Piratininga (São Paulo), despovoando quase totalmente o litoral inclusive a velha capitania de São Vicente e, em estado de abandono, a Aldeia mais tarde, por insistência dos moradores, foi se tornando um povoado de pescadores.
Ora como Freguesia, ora como Bairro, até como Vila sem nunca ter predicado para isso, o abandono foi total, mas nos mapas seiscentistas e até o Século passado, nota-se o símbolo representativo da velha igreja de Peruibe.
Em 1852, recebeu sua primeira "Cadeira Educacional", para o sexo masculino e em 1871, para o sexo feminino, sua população sempre foi maior do que a de Itanhaém porém o censo, somente informava o total da população entre os municípios vizinhos, que pertenciam ao município de Itanhaém.
No ano de 1914, vem a Estrada de Ferro e com ela os primeiros imigrantes. Na década de 50, o Povoado vê aumentar a atividade imobiliária, passando a receber novos incentivadores no comércio.
Num trabalho incansável do então Vereador de Itanhaém, Dr. Geraldo Russomano, provoca a realização de um plebiscito, para se definir sobre o processo de emancipação definitiva de Peruibe, libertando seu passado. E foi assim que em 18 de fevereiro de 1959, a Aldeia que se tornou Povoado foi levada à categoria de Município e no dia 1§ de janeiro de 1960, teve seu assentamento.
Em 22 de Junho de 1974, através de Lei Estadual, Peruibe passa a ser reconhecida como Estância Balneária, dadas às suas peculiaridades naturais. Atualmente, Peruibe encontra-se em desenvolvimento bastante organizado, pois seu Plano Diretor e Código de Obras, são dos mais bem elaborados da região, o que tem Ihe garantido excelente resultado no processo de urbanização.
É dessa forma que Peruibe está integrada ao Estado, inclusive como uma das cidades que mais se desenvolvem no Pais.
Hoje, através de Convênio firmado com o apoio do CONDEPHAAT, entre Peruibe e a Universidade de São Paulo/Museu de Arqueologia e Etnologia - USP/MAE, esta sendo realizada uma pesquisa arqueológica, que já encontra-se em fase final. O Sítio Arqueológico "Ruínas do Abarebebe", que é Tombado pelo CONDEPHAAT e IBPC, assim como pelo Município, através da sua Lei Orgânica Municipal, vem provar o cuidado e o carinho que alguns mecenas vem lutando para preservar o berço dos primeiros brasileiros e a glória suprema dos Jesuítas em nossa querida e eterna Tapiarama.
Assim é que relatamos um princípio da história de Peruibe, tudo conforme consultas a documentos que registram os fatos havidos nos tempos do Descobrimento do Brasil.