A Estação Ecológica Juréia Itatins foi instituída em 1986 após um longo processo de mobilização da opinião pública em favor de sua preservação. Por três décadas, foi objeto de instrumentos legais que atendiam aos mais variados interesses, mas nem sempre aos de proteção ambiental. O Decreto Estadual número 31.650, de 8 de abril de 1958 instituiu a Reserva Estadual dos Itatins, numa área de 12.058 hectares de terras declaradas devolutas na vertente atlântica da área montanhosa da Serra do Itatins, permitindo a preservação da Mata Atlântica nessa área.
Em muitas áreas próximas, no litoral Sul de São Paulo, boa parte dessa vegetação original foi destruída, pois não estavam em locais protegidos.A região da Serra da Juréia é um dos pontos, senão o ponto mais preservado do litoral paulista. Devido ao alto grau de preservação em que se encontra, esta região possui 2/3 dos últimos 5% de cobertura vegetal primitiva que ainda resta no Estado de São Paulo, concentrando quase 40% de vegetação primitiva da área de todas as unidades de conservação do Estado.Protegida pela Serra dos Itatins há uma grande planície aluvial onde, em vários locais afloram morros, sendo a Juréia o mais elevado deles.
A dificuldade de acesso garantiu sua preservação. Este conjunto de ecossistemas, que permanece praticamente intocado ao longo dos 50Km de litoral, mantém ainda todos os animais silvestres característicos e, se apresenta como uma beleza indescritível. Vários anos depois, a área do Maciço da serra foi doada à Secretaria do Meio Ambiente por um empreendimento imobiliário, que pretendia implantar um loteamento ecológico, de alto padrão, às margens do Rio Verde. Isso levou pessoas a se empenharem na preservação do Maciço da Juréia. Em 12 de dezembro de 1977, através da Resolução número 11 do Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Artístico e Turístico (CONDEPHAAT) da Secretaria de Cultura do Estado, declarou-se o tombamento do Maciço da Juréia, registrado como área cultural de interesse cênico e científico, e também o Rio Verde, da fonte ao estuário, permitindo assim a preservação dos manguezais a ele associados. O empreendimento imobiliário foi cancelado, uma vez que a Empresa Nuclebrás Brasileira S/A deciciu construir na região as usinas nucleares Iguape 4 e 5, decretando ainda, que os entornos de usinas nucleares passariam a ser Estações Ecológicas. Em 4 de junho de 1980, diante da ameaça de degradação ambiental que se avizinhava, a EEJI foi declarada de utilidade pública através do Decreto Federal n° 84.771, para a construção das Usinas, numa área de 23.600 hectares, incluindo todo o Maciço da Juréia. Nessa época, a Nuclebrás já estava realizando na área pesquisas, melhorando as estradas, realizando terraplanagens, fazendo pontes e colocando uma balsa no Rio Una. Após alguns anos, a Nuclebrás desistiu de gerar energia nuclear na linha da costa do Estado de São Paulo e, conseqüentemente, não levou adiante a desapropriação da terra. Finalmente, em 20 de janeiro de 1986, através do Decreto n° 24.646, o Governo do Estado estabeleceu definitivamente a EEJI, com cerca de 79.270 hectares. Em seguida, editou a Lei n° 5.649 de 28 de abril de 1987, ratificando a criação da Estação. A área de preservação ambiental circundante à estação abrange nessa região toda a bacia hidrográfica do Rio Una do Prelado.. Na EEJI habitam vários caiçaras, que ainda preservam sua cultura, formas de produção e subsistência, com um conhecimento muito apurado da natureza.Sua densidade populacional é muito baixa e por isso sua presença não chega a interferir de forma destrutiva na natureza.
A ocupação humana na área remonta ao século XVIII, inicialmente por populações negras, indígenas e descendentes de europeus. No período de colonização, na busca por ouro, os portugueses usaram a Trilha do Imperador, que corre até hoje através da região conectando São Vicente e a Vila de Cananéia. Mais tarde, a mesma trilha recebeu postes telegráficos, que eram usados para transmitir mensagens em Código Morse na época da Guerra do Paraguai, e que ficou conhecida como a Trilha do Telégrafo.
Na linguagem tupi-guarani, Juréia significa ponto saliente (promontório) e Itatins, nariz de pedra (saliência rochosa).
São desenvolvidas muitas pesquisas científicas na EEJI desde 1981, principalmente pela Universidade de São Paulo (USP) e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP).
Apesar de ter sua criação amparada por Lei desde 1986, e com núcleo de atividades de pesquisa funcionando, a conservação integral da Estação Ecológica da Juréia ainda não está totalmente assegurada, pois a maior parte das terras que deveriam ser desapropriadas não tiveram sua situação fundiária regularizada. Além disso, há dificuldades em se levantar fundos para o pagamento dessas desapropriações.